三門は寺院を代表する正門であり禅宗七堂伽藍(勅使門、山門、仏殿、法堂、方丈、鐘楼、経堂、浴室)の一つです。又山門とも書き、仏道修行のさとりの内容を示す空門、無相門、無作門をも意味しています。 　南禅寺の三門は別名「天下竜門」ともいい、上層の楼を五鳳楼と呼びます。日本三大門の一つで有名である。 　開創当時のものは永仁３年西園寺実兼の寄進によって創立され、ついで応安年間新三門に改築されたが文安四年の火災で焼失しました。

現在の三門は藤堂高虎が寛永５年（１６２８）に、大阪夏の陣に倒れた将士の菩提を弔うために再建したものであり、禅宗様式独特の圧倒的な量感と列柱群が力強さを示しています。また、歌舞伎「楼門五三桐」の石川五右衛門の伝説で有名です。門前右方の巨大な石灯籠は佐久間勝之の奉献したもので、高さ６メートル余りあり、大ささでは車洋一といわれており、俗に佐久間玄藩の片灯寵と呼ばれています。 山門楼上内陣の正面には仏師左京等の手になる宝冠釈迦座像を本尊とし、その脇士に月蓋長者、善財童士、左右に十六羅漢を配置し、本光国師、徳川家康、藤堂高虎の像と一門の重臣の位牌が安置されています。また天井の鳳凰、天人の極彩色の図は狩野探幽、土佐徳悦の筆とされています。